Logo Ve Grafik Tasarım
Süper Üye
ZFN Çinko parmak proteinleri (ZNF'ler), olay yerine giren "genom düzenleme" nükleazlarının ilkidir. ZFN, bir çinko parmak DNA-bağlanma alanı ve en detaylı olarak incelenen tip IIS kısıtlama endonükleazı olan FokI'nin DNA klevaj alanından oluşur. Çinko parmaklar, ökaryotlarda bulunan en yaygın DNA bağlanma alanıdır. Bunlar tipik olarak nükleotid üçüzleriyle etkileşime giren ~ 30 amino asit modülünden oluşur. Her ZNF tipik olarak 3-6 nükleotid üçlüsünü tanır. Bağlı oldukları nükleazlar sadece dimerler olarak işlev gördüklerinden, herhangi bir belirli lokusu hedeflemek için ZNF çiftleri gereklidir: biri akış yukarıdaki diziyi tanıyan ve diğeri değiştirilecek sitenin akış aşağıdaki diziyi tanıyan. Bu düzenleme sisteminin ticari olarak sentezlenmesi gerektiğinden ve kullanımı zor olduğundan, ZFN'nin yerini yavaş yavaş diğer sistemler almıştır.
TALEN, ZFN'den daha iyi özgüllük ve verimlilik gösteren başka bir mühendislik nükleazdır. ZNF'lere benzer şekilde, TALEN'ler de genomu belirli bir bölgeye ayırmak için aynı spesifik olmayan nükleazı yönlendirmek için DNA bağlanma motifleri kullanır, ancak DNA üçüzlerini tanımak yerine her alan tek bir nükleotidi tanır. TALEN'den türetilen DNA bağlanma alanları ile bunların hedef nükleotitleri arasındaki etkileşimler, ZNF'ler ve trinükleotitler arasındaki etkileşimlerden daha az karmaşıktır ve TALEN'lerin tasarlanması genellikle ZNF'lerden daha basittir. Bununla birlikte, TALEN için en büyük zorluk, büyük modülleri seri olarak klonlamak, bu modülleri ligaz tarafından verimli bir şekilde tasarlanan sırada birleştirmektir. Diğer teknik engel, başarılı hedeflenmiş hücreler için düşük tarama verimidir. Her iki teknik de pek çok türde tasarlanmıştır ve fare embriyonik kök hücreleri ile sınırlı değildir.
Genom düzenleme, hedef DNA'da etkili DSB üretimi ile başlar. DSB tanıtıldıktan sonra DNA onarımı iki farklı mekanizma ile gerçekleştirilebilir: yüksek hassasiyetli homolojiye yönelik onarım (HDR) veya homolog bir onarım şablonu olmadan, hataya meyilli olmayan homolog uç birleştirme (NHEJ) yoluyla . Bir DSB çoğu durumda NHEJ tarafından onarılır. NHEJ genellikle değişken uzunluklarda yerleştirme ve silme mutasyonları (indeller) ile sonuçlanır ve bu nedenle genleri nakavt etmek için kullanılabilir. kopma bölgesini soran dizilere karşılık gelen homolog dizilere sahip tek veya çift zincirli DNA şablonları hücre içine sokulduğunda, lezyon HDR makineleri kullanılarak onarılabilir.
TALEN, ZFN'den daha iyi özgüllük ve verimlilik gösteren başka bir mühendislik nükleazdır. ZNF'lere benzer şekilde, TALEN'ler de genomu belirli bir bölgeye ayırmak için aynı spesifik olmayan nükleazı yönlendirmek için DNA bağlanma motifleri kullanır, ancak DNA üçüzlerini tanımak yerine her alan tek bir nükleotidi tanır. TALEN'den türetilen DNA bağlanma alanları ile bunların hedef nükleotitleri arasındaki etkileşimler, ZNF'ler ve trinükleotitler arasındaki etkileşimlerden daha az karmaşıktır ve TALEN'lerin tasarlanması genellikle ZNF'lerden daha basittir. Bununla birlikte, TALEN için en büyük zorluk, büyük modülleri seri olarak klonlamak, bu modülleri ligaz tarafından verimli bir şekilde tasarlanan sırada birleştirmektir. Diğer teknik engel, başarılı hedeflenmiş hücreler için düşük tarama verimidir. Her iki teknik de pek çok türde tasarlanmıştır ve fare embriyonik kök hücreleri ile sınırlı değildir.
Genom düzenleme, hedef DNA'da etkili DSB üretimi ile başlar. DSB tanıtıldıktan sonra DNA onarımı iki farklı mekanizma ile gerçekleştirilebilir: yüksek hassasiyetli homolojiye yönelik onarım (HDR) veya homolog bir onarım şablonu olmadan, hataya meyilli olmayan homolog uç birleştirme (NHEJ) yoluyla . Bir DSB çoğu durumda NHEJ tarafından onarılır. NHEJ genellikle değişken uzunluklarda yerleştirme ve silme mutasyonları (indeller) ile sonuçlanır ve bu nedenle genleri nakavt etmek için kullanılabilir. kopma bölgesini soran dizilere karşılık gelen homolog dizilere sahip tek veya çift zincirli DNA şablonları hücre içine sokulduğunda, lezyon HDR makineleri kullanılarak onarılabilir.
